Setidaknya ada tiga penyebab utama penyakit pada ikan:

• Keberadaan patogen lingkungan
• Daya tampung kolam.
• Lingkungan air yang tidak nyaman.

Keseimbangan.

Patogen (misalnya bakteri, virus, jamur dan parasit) umumnya ditemukan di semua perairan, namun ikan memiliki daya tahan yang cukup terhadap pantogen. Mereka juga dapat menyesuaikan diri dengan perubahan lingkungan dan sehingga dapat menghindari penyakit akibat infeksi patogen.

Keseimbangan Ikan, Patogen dan Lingkungan

Patogen Meningkat

Bila keberadaan patogen dalam air meningkat tajam karena faktor eksternal, dan ketahanan alami ikan tidak dapat mengatasi jumlah patogen yang semakin meningkat, ikan akan menjadi rentan terhadap infeksi dan penyakit.

Pantogen Meningkat

Selain itu, faktor eksternal juga dapat menyebabkan perubahan drastis pada kualitas air, sehingga kesehatan ikan memburuk dan daya tahan  ikan menjadi rendah. Menjadi rawan terhadap infeksi patogen dan penyakit ikan atau kematian meningkat.

Lingkungan Tidak Memadahi