Dengan pewarnaan Gram, bakteri-bakteri dapat dibagi atas 2 golongan yaitu:

✓ Gram positif, berwarna violet (ungu) karena mengikat zat warna utama “kristal violet”.
✓ Gram negatif, berwarna pink (merah jambu) karena melepaskan zat warna utama dan menangkap zat warna penutup ”fuchsin”.

Prinsip atau pokok-pokok pewarnaan gram meliputi 4 tingkatan yaitu :
1. Pewarnaan dengan zat warna utama (kristal gentian violet yang warnanya violet).
2. Merekatkan (mengintensifkan) dengan suatu larutan mordant, yaitu larutan lugol (J-KJ).
3. Menambahkan zat decolorisasi (bahan peluntur) misalnya alkohol atau alkohol-asam.
4. Pemberian zat penutup (counter stain), misalnya : larutan fuchsin, safranin, dll.
Kesalahan Prosedur.

Kesalahan biasanya terdapat pada ”overstaining” dan ”overdecolozing”, yaitu terlalu lama memberikan zat-zat warna atau pancucian dengan alkohol. Akibatnya Gram-positif dapat menjadi Gram negatif. Teknik mewarnai hendaknya dikontrol juga dengan melakukan pemulasan terhadap bakteri yang telah diketahui Gramnya. Larutan-larutan zat warna yang digunakan senantiasa diperiksa, apakah sudah terdapat kristal-kristal atau kotoran-kotoran lainnya. Gunakanlah selalu larutan-larutan zat warna yang disaring dengan kertas saring.

Perlu kita ketahui bahwa perbedaan sifat antara kedua golongan bakteri tadi, tidaklah absolut tegas dan spesifik, melainkan tergantung juga pada beberapa faktor, antara lain:
a) Bakteri-bakteri Gram positif sering kali tidak dapat menyerap dan mengikat zat warna kristal violet, terutama apabila dibuat preparat dari bakteri-bakteri biakan murni yang telah tua (rough).
b) Ada bakteri-bakteri tertentu yang sangat peka terhadap cara-cara yang mengalami sedikit perubahan.
c) Selain itu ada juga bakteri-bakteri yang bersifat ”gram variable”, dll.
Gentian violet dapat diganti dengan crystalviolet atau methylviolet, jika gentian violet tidak ada.